Template algorithmique... & web apps en test !

Une mise à jour des spécifications du template algorithmique proposé dans le cadre du GDR : http://www.gdr-mascotnum.fr/template.html

En outre, une première version d'une application web pour l'utilisation "unplugged" d'un tel template sur un code de calcul : https://gdr-mascotnum.org/app/joinDOE

... et une autre pour facilement créer/éditer un template : https://gdr-mascotnum.org/app/justDOEit

Toute bonne volonté pour un portage/intégration Python ou Matlab/Octave est bienvenue...

06 novembre 2013, Fontenay-aux-Roses - "Fast uncertainty reduction strategies relying on Gaussian process models", présentation de fin de thèse de Clément Chevalier

La soutenance académique officielle de la thèse de Clément Chevalier "Fast uncertainty reduction strategies relying on Gaussian process models" s'est tenue le 18 septembre à Berne.
Une présentation francisée complémentaire aura lieu le 06 novembre à 9h30 sur le centre CEA/IRSN de Fontenay-aux-Roses (http://goo.gl/maps/PtDg7).
Inscription nécessaire auprès de florence.dallacasa@irsn.fr

The Masked Marvel

Apprendre les bases de R en 15 minutes...

...avec un petit cours interactif : http://tryr.codeschool.com

R et diffusion web

Quelques nouveautés de l'environnement R pour la publication web, statique ou animée...

• la syntaxe RMarkdown depuis l'environnement Rstudio, ce n'est pas vraiment une nouveauté récente, mais je tiens à souligner le confort d'utilisation du concept:
    écrivez vos rapport dans une syntaxe wiki (facile à apprendre),
      incluez du latex si besoin,
        du code R (y compris des plots),
  et compilez le tout en une page HTML :

=> présentation ici : http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/using_markdown

• dans le même esprit, mais pour créer des présentations (presque) aussi simplement qu'avec PowerPoint, et (presque) aussi efficaces qu'avec Beamer, voici Slidify. basé sur le précédent Rmarkdown, il vous permet de créer (et publier) vos présentations dans un format web dynamique (HTML5).

 => présentation ici : http://ramnathv.github.com/slidify/

• et enfin le projet shiny, une innovation de l'équipe Rstudio, qui permet de créer en quelques lignes R des applications web. Jugez vous mêmes des perspectives d'utilisation pédagogiques, industrielles ou commerciales...

=> démonstration ici : http://glimmer.rstudio.com/winston/heightweight/
=> informations ici : http://www.rstudio.com/shiny/

News Computer Experiments

Pour faire suite au précédent billet concernant la mise à jour d'OpenTURNS 1.0 et de KrigInv 1.3 ...

• mise à jour du package R DiceKriging 1.4-0 implémentant dorénavant les noyaux de covariance "ad-hoc" (classe covUser). Un bon exercice de créativité :)
• mise à jour de l'environnement RStudio :



• une fonctionnalité très intéressante pour renouer avec la vocation première d'internet : publier vos travaux avec RPubs
• un support du mode projet et SVN / Git
• mise à jour de Prométhée 1.2, incluant notamment :
• le couplage des codes Moret, MCNP, Tripoli, Apollo, Dragon, Scale, Vesta, Darwin, Serpent, Cathare, Flica, CFX, Scilab, ...
• les algorithmes FAST, Morris, SRC/PCC (package R sensitivity), Monte Carlo, Random sampling, Wilks, SUR (package R KrigInv), EGO (package R DiceOptim), BFGS, L-BFGS-B, gradient conjugué, Nelder-Mead, recuit simulé (package R optim), CMAES (package R cmaes), zero par dichotomie, zero Brent, ...
• le cobweb/parplot/parcoord interactif pour analyser les résultats,
  
• un accès "en live" aux calculs distants (via FTP),
• un moteur de 'diff' pour comparer les points de calculs,
  
• un programme d'installation qui embarque maintenant R, pour faciliter le déploiement.

Math Software

Quelques numéros récents de la lettre mensuelle de Mike Croucher :

• A Month of Math Software – May 2012
• A Month of Math Software – June 2012
• A Month of Math Software – July 2012
• A Month of Math Software – August 2012

Et encore d'autres nouveautés :

• OpenTURNS v1.0 a été publiée en avril dernier ! Quelqu'un se dévoue pour nous raconter les nouveautés de cette première release en 1.x ?
• La toolbox KrigInv 1.3 pour R est sortie cet été. On y trouve notamment des implémentations des algorithmes décrits là et là.

Easter Beagle

Computer experiments & R

Un billet (pub ? :) pour signaler la disponibilité d'une nouveauté dans l'environnement HPC Prométhée (http://promethee.irsn.org) pour appeler directement depuis R un code de calcul externe (en réseau).

L'appel d'un code (ici le code Monte Carlo MCNP) devient alors aussi simple que cela :

> Promethee.run('MCNP', input.files='godiva', input.design=list(r=1:10))$mean_keff

Cette commande retourne les 10 résultats de calculs (effectués en parallèle sur la grille Promethee) pour les 10 valeurs de la variable r (présente dans le modèle/fichier d'entrée godiva)

[1] 0.11860 0.23928 0.36149 0.48200 0.59928 0.71293 0.82090 0.92365 1.02042

[10] 1.11112

Une solution pour réaliser des "computer experiments" avec de "vrais" codes de calculs ... directement depuis R.

Plus d'informations : http://promethee.irsn.fr/doku.php?id=user:r

1ères Rencontres R

Les 1ères Rencontres R auront lieu à BoRdeaux, les 2 et 3 juillet 2012. Elles sont organisées par l'INRIA Bordeaux Sud-Ouest en partenariat avec l'Université de Bordeaux et l'Institut de Mathématiques de Bordeaux.

L’esprit de ces Rencontres est de fournir à l’échelle nationale un lieu d’échange et de partage d’idées sur l’usage du logiciel R dans différentes disciplines (Visualisation & graphiques, Statistique appliquée, Biostatistique, Statistique bayésienne, Bioinformatique, Analyse des données, Modélisation, Machine learning, High performance computing...). En savoir plus...

"Gift-Getting Season" et "Easter Beagle"

Il s'agit du nom de code des deux prochains versions de R qui viennent d'être annoncées par la R Core Team pour le 29 février (2.14.2) et le 30 mars (2.15.0).

Le langage R gagne en popularité !

"The TIOBE index ranks popularity of programming languages according to their prevalence on the web. [...] TIOBE published its annual rankings of programming language popularity for 2011 and R has risen once again: it now ranks #19 in overall language popularity" selon David Smith ("R jumps from 25 to 19 in annual TIOBE rankings of programming language popularity", January 16, 2012).

Voir aussi : TIOBE Programming Community Index for January 2012.